论文查重软件的兼容性问题主要包括操作系统兼容性、文本格式兼容性和语言兼容性。首先，不同的查重软件可能对操作系统有不同的要求，有些只支持Windows系统，有些则支持多个操作系统。其次，文本格式的差异也可能导致查重结果的不同，一些软件可能只支持doc格式，而有些则支持更多种格式。最后，语言兼容性是指软件是否可以正确处理不同语言的文本，尤其是对于一些特殊语言或编码的文本。因此，在选择论文查重软件时，需要考虑到这些兼容性问题。

除了上述问题外，还有一些其他影响论文查重软件兼容性的因素。例如，软件的更新频率和技术支持是否及时，是否能够适应不断变化的操作系统和文本处理软件版本等。此外，一些软件可能对硬件配置也有一定要求，需要考虑到自己的设备是否符合要求。总的来说，论文查重软件的兼容性是选择合适软件的重要考量因素之一，只有确保软件能够与自己的环境兼容，才能更好地进行查重工作。